毛泽东是了解王恩茂的。在当时那种混乱的局面之下，毛泽东、党中央仍然决定选举王恩茂为“九大”代表，赴北京出席党的“九大”。在九大会议上，王恩茂也受到了造反派的批判，虽然未能保留中央委员职务，但仍被选为中央候补委员。1969年国庆节后，王恩茂到北京长辛店二七车辆厂劳动，时间长达两年五个月之久。
1971年林彪叛逃事件发生后，王恩茂离开新疆下放到芜湖，他作为自治区党委第一书记、开国中将、军区司令员，却被贬到安徽芜湖地区当了个副专员、革命会副主任，可见当时的政治生活极不正常。
直到1975年10月，经毛泽东亲自过问，王恩茂才被调到南京军区任副政委。
（5）功垂天山献终身
除了戎马生涯建立的累累战功，王恩茂为新疆解放和建设所作的贡献广为人知。
全国解放前夕，在党的七届二中全会上，王震主动请缨党中央、毛主席，由他率第1野战军1兵团进军西北，解放新疆。王恩茂时任第1兵团2军政委，跟随王震率部穿过河西走廊，翻过祁连山、天山，穿过渺无人烟的戈壁沙漠，进军大西北。1949年底，王恩茂率军历尽艰难，进驻南疆，把五星红旗插到了帕米尔高原，如今在乌鲁木齐人民广场南侧矗立着解放军进军新疆纪念碑，碑体正面镌刻着王震题词：“解放军进军新疆纪念碑”，碑体南面镌刻着王恩茂的题词：“人民解放军进军新疆，开创了新疆各族人民解放的新的历史时期。”